荆州区于1994年10月由原江陵县析置。建区之初，全区辖原江陵县的荆州、川店、马山、李埠、弥市5个镇和八岭山、纪南2个乡。

1995年2月，经上级批准，撤销荆州镇，以其区域分设东城、西城、城南、荆北4个街道办事处，其中的城南街道办事处挂荆州城南经济技术开发区的牌子，实行两块牌子，一套班子合署办公。1995年5月，荆州区人民政府成立。1995年8月和12月，经上级批准，纪南、八岭山2乡先后撤乡建镇。1998年6月，经上级批准，荆北街道办事处改建为郢城镇。2019年6月19日，经上级批准，设立凤凰街道办事处。

2004年9月全省进行农场管理体制改革，将菱角湖和太湖港两个国营农场划归荆州区管辖。

经市政府批准，按照“区划不变、委托管理、利益分享，共同发展”原则，2014年7月2日，荆州区纪南镇及所辖的董场村、九店村、枣林等18个村和1个居委会，郢城镇的海湖村、彭湖村、黄山村、高路村、岳山村、郢城村、郢北村共7个行政村，总人口5.8万人，交由荆州纪南生态文化旅游区管委会托管;2017年9月6日，荆州区八岭山镇马店村交由荆州纪南生态文化旅游区托管;2020年4月23日，太湖港管理区(引江济汉渠以东、荆秘路以北区域除外)，李埠镇杨井村、金双村及李埠村1组、2组、3组、4组和9组，八岭山镇杨场村1组、马跑泉村9组和渔场组(原三中渔场)，城南高新园三红村 5—12 组(引

江济汉渠以东区域除外)，交由荆州高新技术产业开发区托管，托管时限33年。目前，全区辖纪南、川店、马山、八岭山、李埠、弥市、郢城7个镇，西城、东城、城南、凤凰4个街道，太湖港、菱角湖2个农场管理区以及荆州纪南生态文化旅游区、荆州高新技术产业开发区、荆州高新技术产业园区城南高新园3个功能区。各镇(街办)共辖111个行政村和47个社区。全区国土面积1043.3平方公里。